De Ninja e-1 en Z e-1 zijn voorzien van dubbele, uitneembare lithium-ion batterijen. Meerdere oplaadopties zorgen voor meer flexibiliteit en maken het dagelijks gebruik nog gemakkelijker. De beide lithium-ion batterijen wegen elk 11,5 kg. Extern opladen* kan plaatsvinden door de motorfiets op een speciale oplader aan te sluiten, die wordt gevoed door een gewoon 220V stopcontact. Als alternatief kunnen de batterijen worden uitgenomen en separaat worden opgeladen. De oplaadtijd per batterij is ongeveer 3,7 uur voor een volledige lading, 1,6 uur voor een gedeeltelijke (20% >> 85%) lading.
*Extern opladen verwijst naar laadsystemen die niet eigen zijn aan het voertuig zelf. Aangezien de acculader (die wisselstroom opneemt en omzet in de gelijkstroom die nodig is om de accu's op te laden) zich buiten de fiets bevindt, is dit een voorbeeld van extern opladen.